
A primeira formação contava com Manson nos vocais, Daisy Berkowitz na guitarra, Olivia Newton Bundy no baixo e Zsa Zsa Speck na bateria eletrônica. Essa formação durou apenas dois shows. Logo depois a banda contou com Sara Lee Lucas usando uma bateria acústica, Gidget Gein no baixo e Madonna Wayne Gacy (também conhecido como Pogo) nos teclados. A banda chamou a atenção de Trent Reznor, líder do Nine Inch Nails e em 1994 a banda lança seu álbum de estreia (usando apenas o nome Marilyn Manson), intitulado “Portrait of an American Family.” Gidget Gein deixou a banda, dando lugar a Twiggy Ramirez. O álbum foi produzido por Reznor e a banda assinou contrato com o selo Nothing Records. Além da turnê própria, a banda abriu alguns shows da turnê Self Destruction do Nine Inch Nails.
Em 1995 sai o EP “Smells Like Children,” com remixes do primeiro álbum e três músicas covers: Sweet Dreams (Are Made of This) (Eurythmics), I Put a Spell on You (Screamin’ Jaw Hawkins) e Rock n’ Roll Nigger (Patti Smith). Sweet Dreams (Are Made of This) tornou-se o maior clássico da banda até hoje. Da mesma forma que o ano anterior, além dos shows próprios, a banda abriu alguns shows da banda Danzig. No mesmo ano, Sara Lee Lucas sai da banda por conta própria e Ginger Fish entra no lugar.
O álbum “Antichrist Superstar” é lançado em 1996. Novamente produzido por Reznor, o álbum ainda teve a participação de Danny Lohner e Chris Vrenna (ambos membros do Nine Inch Nails na época). Entre 1996 e 1997 a banda fez sua primeira turnê mundial e começou a ser reconhecida. Daisy Brekowitz deixou a banda no meio das gravações. Zim Zum entrou no lugar, tocando guitarra na turnê Dead to the World.
Em 1998 a banda chega em seu auge com o lançamento do álbum “Mechanical Animals”. O visual da banda muda completamente e abrange um lado mais glam. Zim Zum só participa das gravações e John 5 entra no seu lugar. O álbum alcançou o primeiro lugar na parada da Billboard.
Em 1999 aconteceu o caso dos estudantes em Columbine. A imprensa massacrou o Manson, o acusando de ser a principal influência para os garotos cometerem tal ato. Isso quase arruinou a carreira da banda. Motivado por isso, Manson lançou o álbum “Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death) em 2000. Foi um tipo de resposta a todas as acusações feitas pela mídia. Com relação a isso, Manson fez uma participação do filme “Tiros em Columbine” do Michael Moore, comentando o tal fato.
Entre 2001 e 2002 Manson fez parte de algumas trilhas sonoras, além de lançar um DVD sobre a turnê do Holy Wood, intitulado “Guns, God and Government World Tour.”
Twiggy Ramirez deixa a banda em 2002, Tim Skold o substitui e em 2003 a banda lança o “The Golden Age of Grotesque,” com várias referências a Alemanha dos anos 30, além de referências burlescas. Quase que uma “homenagem” à sua ex-mulher (noiva na época) Dita Von Teese. O álbum foi bem recebido pelo público.
Em 2004 saiu a coletânea Lest We Forget: The Best Of. Além do CD, tem o DVD com todos os clipes da banda até a época e mais alguns “easter eggs” como o making of do vídeo da “mOBSCENE,” a versão alternativa do vídeo da “Disposable Teens” e um vídeo chamado “Autopsy,” além de uma galeria de fotos. Na turnê, Ginger Fish foi substituído por Chris Vrenna por motivos de saúde. John 5 saiu da banda e Mark Chaussee assumiu o posto de guitarrista.
De 2004 a 2006 todos chegaram a pensar que a banda acabaria por problemas pessoais do Manson, mas em 2007 sai o “Eat Me, Drink Me.” O álbum teve opiniões divididas, justamente pela direção musical que o álbum tomou. Ficou mais melancólico e repleto de solos de guitarra, que não é um artifício comum na banda. Tim Skold produziu e tocou todos os instrumentos. O álbum foi descrito pelo próprio Manson como sua ressurreição musical e a responsável por parte desse processo foi, na época, sua namorada, Evan Rachel Wood.
Pogo sai da banda em 2006, no seu lugar entra Chris Vrenna. Tim Skold passa a ser o guitarrista e Rob Holliday assume o baixo.
Em Janeiro de 2008, para a surpresa de todos os fãs, Twiggy Ramirez voltou para a banda no lugar de Tim Skold. Twiggy fica como baixista, Rob Holliday passa para a guitarra e eles terminaram a turnê Rape of the World naquele ano.
Durante o ano de 2008 a banda trabalhou no primeiro álbum com o Twiggy desde 2000. Lançado em Maio de 2009 com o título “The High End of Low,” o álbum foi bem recebido pelos fãs e ficou no 4º lugar na parada da Billboard na primeira semana de vendas.